自凈室主要用于培養基的自凈和各種器具的自凈，室內應備有高壓蒸汽自凈器、烘箱等自凈設備及設施。無菌室，無菌室也稱接種室，是系統接種、純化菌種等無菌操作的實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。

    無菌室應根據既經濟又科學的原則來設置，其基本要求有以下幾點，無菌室應有內、外兩間，內間是無菌室，外間是緩沖室。房間容積不宜過大，以便空氣自凈。小內間面積2×2.5＝5m2，外間面積1×2＝2m2，高以2.5m以下為宜，都應有天花板。內間應當設拉門，以減少空氣的波動，門應設在離工作臺遠的位置上，外間的門也用拉門，要設在距內間遠的位置上。在分隔內間與外間的墻壁或“隔扇”上，應開一個小窗，作接種過程中必要的內外傳遞物品的通道，以減少人員進出內間的次數，降低污染程度。小窗寬60cm、高40cm、厚30cm，內外都掛對拉的窗扇。無菌室容積小而嚴密，使用一段時間后，室內溫度很高，故應設置通氣窗。通氣窗應設在內室進門處的頂棚上（即離工作臺遠的位置）為雙層結構，外層為百葉窗，內層可用抽板式窗扇。通氣窗可在內室使用后、自凈前開啟，以流通空氣，有條件可安裝恒溫恒濕機。

    陽性對照室建設目標是為了對照和驗證微生物檢測室測試的結果，主要是三個要點，負壓萬級，配置生物安全柜，保證一定的壓力梯度，陽性對照室采用單獨的空調系統，凈化級別為萬級， 陽性對照室相對于相鄰的緩沖室為負壓。生物安全柜可對人員、環境、樣品進行保護。 

    陽性對照室建設意見，一更的潔凈度可以不做要求，我見到的大多是有送風，你們做成萬級是可以的。一更內可以設洗手盆也可以設手消毒器（房間太小設洗手盆不方便）。一更內應設紫外線自凈燈，一更對更鞋應保持正壓。二更的潔凈度為萬級，二更對一更應保持不小于10Pa的正壓。二更內應設紫外線自凈燈。陽性對照室的潔凈度為萬級，陽性對對二更應保持相對負壓。陽性對照室內應設生物安全柜（也有用垂直層流工作臺的）陽性對照室內應設紫外線自凈燈，陽性對照室與準備間之間應設帶紫外線燈的傳遞窗好是帶凈化送風的傳遞窗，更鞋區沒有特殊要求。準備間內應設洗滌槽和紫外線燈，準備間可以安裝普通空調，準備間內通常設邊臺。凈化級別為萬級，陽性對照室相對于相鄰的緩沖室為負壓。